[3] En 1792 se fue a León como paje del obispo Juan Félix de Villegas, el cual, nombrado obispo metropolitano en 1795, lo llevó consigo a la Ciudad de Guatemala.
Tras su regreso a Granada recibió el nombramiento de Regidor Municipal.
El ejército realista al mando del Sargento Mayor Pedro Gutiérrez vino a sofocar la rebelión.
Ayudado de sus amigos, Cerda escapa a Suecia, donde permanece algún tiempo y se gana la vida, trabajando como remendón de zapatos (oficio que aprendió en la cárcel).
Luego se traslada a Cuba, donde vive de incógnito en La Habana bajo el nombre de Manuel Aguilar, usando el apellido materno.
Así, el 10 de abril son elegidos Manuel Antonio de la Cerda y Juan Argüello para Jefe y Vicejefe del Estado.
Sin embargo, la actitud del coronel Cleto Ordóñez, que había dado el apoyo liberal a De la Cerda, considerándolo un estadista de mayor capacidad, le garantizó a este la victoria electoral.
Al surgir así una dualidad de poderes, se enciende una nueva guerra civil, conocida como la Guerra de Cerda y Argüello.
Desde allí, en septiembre del mismo año, emprendió un fallado asedio de Granada, mandando tropas al mando de Francisco Baltodano, que tuvieron que retirarse tras un asalto por parte de los argüellistas al mando del Presbítero José María Estrada.
[11] El "primer Jefe del Estado de Nicaragua", murió perdonando cristianamente a sus verdugos.
El historiador Jerónimo Pérez calificó a Manuel Antonio de la Cerda como