Cuando en 1203, Carracedo abraza la observancia cisterciense, San Martín de Castañeda se niega a abrazar dicha observancia y niega la obediencia al abad de Carracedo.
Para estas fechas, las sucesivas donaciones y compras habían incrementado notablemente el patrimonio del monasterio, que llegó a tener el dominio o la jurisdicción sobre más de 120 localidades repartidas por las comarcas de Sanabria, Valdeorras, La Carballeda y La Cabrera y también por la raya de Portugal.
El templo siguió abierto al culto como parroquia que durante los cinco años siguientes fue atendida por el monje exclaustrado Jerónimo Mariano Usera, fundador luego de las religiosas del Amor de Dios.
Posteriormente, en el último tercio del siglo XX, el lago de Sanabria y su entorno fueron declarados parque natural y lo que quedaba en pie de los edificios conventuales del monasterio, restaurado para ese fin, se convirtió en el Centro de Interpretación del Parque.
El templo también fue restaurado y continuó ejerciendo funciones de parroquia.