En el siglo XIX, sin embargo, los métodos de investigación histórica habían hecho un progreso considerable.
Se reunió un grupo de expertos que en 1894 sacó a la luz en Madrid el primer volumen del MHSI.
Cuando se fundó el Instituto Histórico de la Compañía de Jesús en Roma (en 1930), el trabajo del MHSI continuó allí.
La proximidad del Archivum Historicum Societatis lesu facilita el trabajo.
La labor editorial del MHSI continúa dentro del Institutum Historicum Societatis Jesu (IHSI), al que se ha sumado una serie de estudios históricos publicados por la Bibliotheca Instituti Historici Societatis Iesu, la BIHSI (54 volúmenes).