Es el municipio situado más al norte de la entidad, enclavado en la Sierra Madre Occidental.
Los tipos de recursos hídricos del municipio están constituidos por aguas subterráneas, ríos y lagos.
[7] Sus recursos hidrológicos son proporcionados por el río Huejuquilla; los arroyos: Guadalupe, Ximulco, Rancho Colorado, Los Mexquites, El Fresno, Potrillos, Arroyo Hondo, Salitre, San Antonio, Margarita, Tenzompa, Carrizal, Colomos y Los Lobos; las presas: Los Mezquitales, Las Yeguas, Laguna Grande, Lagnita de Jimulco y Los Mirasoles, todas ubicadas al norte del municipio; al sur, se localizan las presas: Azucenas y Las Lagunitas.
La mayor parte del municipio de Huejuquilla el Alto (49.4%) tiene clima templado subhúmedo.
Huejuquilla el Alto cuenta con 0.2% de humedales sin algún área natural protegida tipificada en su territorio.
En la zona montañosa se encuentran bosques formado de pino y roble principalmente.
El venado, el leoncillo, la víbora de cascabel, el coralillo, el conejo, el gato montés, el guajolote silvestre y otras especies habitan en esta región.
El transporte interurbano se efectúa a través de la carretera Guadalajara - Saltillo - Fresnillo - Valparaíso - Huejuquilla.
Comparando este volumen poblacional con el del año 2015 (8,787 habitantes), se observa que la población municipal aumentó un 13.98 por ciento en cinco años.
La localidad de Huejuquilla el Alto era la más poblada, con 5,949 personas, que representaban el 59.4% de la población del municipio; le seguía Tenzompa con el 7.3%, Colonia Hatmasie con el 4.2%, Colonia las Granjas con el 3.8% y La Cofradía con el 3.6% del total municipal.
El municipio cuenta con 74 localidades, siendo las más importantes: Huejuquilla el Alto (cabecera municipal), Tenzompa, La Cofradía, San José de las Maderas, Ortega, La Soledad, Arroyos del Agua.