[1][3] El museo es administrado por la Fundación Hondureña para la Identidad Nacional y su colección del museo abarca siglos de historia del país e incluye diversas piezas de arte, escultura y objetos arqueológicos.
[3] El inmueble donde se ubica actualmente el museo data del año 1880 y fue conocido en el siglo XIX como el “Palacio de los Ministerios”.
El inmueble fue mandado a construir por el presidente hondureño Marco Aurelio Soto, quien colocó la primera piedra del edificio.
El gobierno efectuó compras de terrenos para levantar inmuebles y ubicar oficinas estatales entre estos el que ocuparía el antiguo Hospital General.
En el 2019 el museo reinauguró su colección permanente implementando nuevas tecnologías digitales a sus exhibiciones.