[1][2] Reúne en ella a forestas subtropicales caducas y semicaducas —en razón de sufrir en diverso grado una estación seca—, desplegándose por el centro-este del subcontinente sudamericano.
Si bien es variado, predomina el clima semitropical, desde húmedo en el este, pasando al semiestépico en la cuenca del río Paraguay, a continental en la chiquitanía, con rasgos monzónicos.
Térmicamente, acordes a su latitud y altitud, posee veranos cálidos e inviernos suaves, siendo el rigor invernal en cuanto a mínimas absolutas desde carente de heladas en sectores del sudeste brasileño y la chiquitanía, hasta con heladas suaves en el resto.
[8][9] Durante el Holoceno temprano (10 000 a 8000 años AP) luego de la última gran glaciación, el clima comenzó a tornarse más húmedo, por lo que la flora selvática encontró otra vez condiciones favorables para expandirse sobre los territorios ocupados por el ‘‘núcleo Misiones’’,[10] y como contraparte, esta flora adaptada a condiciones semiáridas, al no encontrar un escenario climático favorable, se retrajo, siendo mayormente sustituida hasta la actualidad (especialmente hacia el oriente) por la vegetación siempreverde, favorecida por la prolongación del ciclo húmedo.
Los bosques del el núcleo Misiones solo han logrado mantenerse fragmentados, distribuidos en diferentes puntos relícticos, gracias a condiciones microclimáticas o edáficas favorables.
Otras especies características del núcleo Misiones son: el urunday (Myracrodruon urundeuva = Astronium urundeuva),[14] el mamón del monte (Carica quercifolia), el tala (Celtis iguanaea = C. pubescens), los timbóes colorado (Enterolobium contortisiliquum) y blanco (Albizia inundata), el viraró (Ruprechtia laxiflora), el fumo bravo (Solanum granulosum leprosum), el ibirá pitá (Peltophorum dubium), el seibo rosado (Erythrina dominguezii), el ombú (Phytolacca dioica), la tipa colorada (Pterogyne nitens), el mataojos colorado (Pouteria gardneriana), los lapachos amarillo (Tabebuia aurea) rosado (Handroanthus impetiginosus) y negro (Handroanthus heptaphyllus), el guaraniná (Sideroxylon obtusifolium), el palo rosa (Aspidosperma polyneuron), el guayubirá (Patagonula americana = Cordia americana), el peteribí (Cordia trichotoma), el guayaibí amarillo (Terminalia triflora), el roble o palo trébol (Amburana cearensis), el manduvirá (Geoffroea spinosa), la espina corona (Gleditsia amorphoides), el cedro (Cedrela fissilis), el zapallo caspi (Pisonia zapallo), el palo amarillo (Phyllostylon rhamnoides), el falso cafeto o mandioca brava (Manihot grahamii), el sota caballos (Luehea divaricata), el guabiyú (Eugenia pungens = Myrcianthes pungens), el ñangapirí (Eugenia uniflora), el aguay (Chrysophyllum gonocarpum), etc.
Es identificable por la presencia de algunas especies arbóreas; en suelos pedregosos, con basalto aflorante o próximo a la superficie abundan el urunday (Astronium balansae = Myracrodruon balansae) —el cual forma bosques puros— y Helietta longifolia (= H. apiculata); mientras que en suelos laterítico-profundos pasan a ser dominantes el cebil (Parapiptadenia rigida) y laurel negro (Nectandra megapotamica).
En ambas facies los acompañan Balfourodendron riedelianum, Diatenopteryx sorbifolia, Holocalyx balansae, Peltophorum dubium, chichita (Lithrea brasiliensis), cangorosa (Maytenus ilicifolia), espinillo (Acacia caven), cardón (Cereus uruguayanus), tala gateador (Celtis iguanaea = C. pubescens), lapacho negro (Handroanthus heptaphyllus), sota caballos (Luehea divaricata), ñangapirí (Eugenia uniflora), etc.[3][21][22] El núcleo Misiones se expande (frecuentemente de manera vestigial)[23] por áreas en las que domina la selva austrobrasileña,[24] o mata o floresta subtropical[25][26] mediante dos formaciones selváticas paranaenses de baja altitud[27] correspondientes al distrito de las selvas mixtas,[13] ambas ecotonan en sus zonas de contacto, especialmente en el sur.
[30][31][29] Este último tipo forestal, por tener más porcentaje de especies perennifolias, es el más similar a la mata atlántica senso stricto, y está relacionado ecotonalmente con las selvas del distrito fitogeográfico planaltense[19] —o ‘‘selva umbrófila mixta’’— (las que también se incluyen en el dominio amazónico), foresta que se caracteriza por la abundancia de numerosas especies endémicas, entre las que destacan algunas coníferas, en especial el pino Paraná o curiy (Araucaria angustifolia).