Su nombre original era ANSA (Air News S.A) aunque posteriormente cambió a NASA (Noticias Aéreas S.A) antes de llamarse NAYSA.
Fue en este momento cuando adoptó el nombre de NAYSA (Navegación y Servicios Aéreos S.A).
El primer avión con el que obtuvieron el AOC de aerotaxi fue una Piper PA-28 Azteca, matrícula EC-BSZ.
En 1973, ya siendo propiedad la empresa del Banco Bilbao y del Banco Unión, se incorporan a la flota una Piper Séneca, otra PA-18 y cuatro Piper Navajo.
En 2015 vende tres de sus ATR 72-202 (EC-GQF, EC-GRP y EC-GRU) a Canaryfly y en junio firma un contrato para alquilar dos ATR 72- 500 con el objetivo de renovar la flota.