Hasta cierto período, se puede observar un cierto paralelismo entre las instituciones de Bora Bora y Raiatea, lo que sugiere que las dos islas ejercen una autoridad religiosa y política conjunta sobre las otras Islas de Sotavento.
Según Tupaia, Borabora era en realidad un lugar de exilio para ladrones y otros malhechores.
Sin embargo, los marginados finalmente se convirtieron en piratas y atacaron a las otras islas de la misma manera.
En el siglo XVIII, un gran jefe, Puni (Teihotu Matarua), logró dominar a los demás clanes de la isla.
La primera mención clara de la isla la hizo el explorador holandés Jakob Roggeveen en 1722.
En 1815, la batalla de Fe'i Pi en Punaauia (en la isla de Tahití) marcó la victoria del partido protestante (Pomare II se había convertido en 1812) contra el partido tradicionalista.
La secta Mamaia ganó tal influencia sobre Tahaa y Bora Bora que en 18303 las dos islas unieron fuerzas para entablar una guerra contra Raiatea y Huahine, que habían permanecido leales a los misioneros.
Ambas islas se negaron y Teriimaevarua III informó al gobierno francés del intento alemán.
Para hacer frente a los intentos alemanes, Raiatea y Tahaa también solicitaron la protección de Francia en 1880.
Entre 1880 y 1887, estas dos islas quedaron bajo el protectorado provisional de Francia.
Mientras tanto, Francia e Inglaterra negociaban la derogación del Convenio de Jarnac.