Allí estuvo muy implicado en el centro del combate; intercambió andanadas con el ironclad italiano Re di Portogallo y fue alcanzado tres veces por el buque torreta Affondatore, aunque sin daños mayores.
Tras de la guerra, el Don Juan d'Austria fue modernizado ligeramente en 1867 para corregir su mala navegación y mejorar su armamento.
Obsoleto ya en 1873, el Don Juan d'Austria fue oficialmente "reconstruido", aunque en realidad fue desguazado para chatarra, con solo su placa de blindaje, partes de su maquinaria y otras piezas misceláneas que se reutilizaron en el nuevo Don Juan d'Austria.
El Don Juan d'Austria fue enviado con el navío de línea realizado en madera Kaiser y dos navíos menores al mando del vicealmirante Bernhard von Wüllerstorf-Urbair para reforzar una fuerza más pequeña formada por las fragatas de hélice Schwarzenberg y Radetzky al mando del entonces capitán Wilhelm von Tegetthoff.
La flota danesa, ahora superada en número, permaneció en el puerto durante el resto de la guerra y no buscó la batalla con el escuadrón austro-prusiano.
En cambio, las fuerzas navales austriacas y prusianas apoyaron las operaciones para capturar islas frente a la costa occidental danesa.
[4] Persano pasó los siguientes dos días bombardeando las defensas austríacas de la isla e intentando sin éxito forzar un desembarco.
Los barcos de este último se dividieron en tres grupos, y solo los dos primeros pudieron concentrarse a tiempo para encontrarse con los austriacos.
Este último se anotó tres impactos en la zona proa sin blindaje del Don Juan d'Austria, pero causaron poco daño.
La flota italiana comenzó a retirarse, seguida por la austriaca; Tegetthoff, habiendo sacado lo mejor de la acción, mantuvo la distancia para no arriesgar su éxito.
[8] Después de regresar a Pola, Tegetthoff mantuvo su flota en el norte del Adriático, donde patrulló contra un posible ataque italiano.
Para 1873, el barco ya estaba obsoleto y tenía un casco completamente corroído, por lo que la Armada Austro-Húngara decidió reemplazar el buque.
Los proyectos de reconstrucción eran aprobados rutinariamente por el parlamento, por lo que la armada "reconstruyó" oficialmente el Don Juan d'Austria y sus barcos gemelos.