El antiguo maestro Francisco de Silos no pudo haber realizado el trabajo, achacoso y anciano.
Pero, la capilla parece haber funcionado lo suficientemente bien para que en junio de 1636 el cabildo la felicitara por su labor durante la fiesta y la octava del Corpus Christi.
Los inquisidores afirmaban que tenían derecho a tal acto y los cantores por su parte afirmaban que hasta ese momento solo lo habían hecho de forma voluntaria, por amistad con el Inquisidor.
También se informó al arzobispo Pedro Apaolaza, que fue muy prudente en sus acciones «particularmente tratando con la Inquisición que procede sin atendencia ni consideración a fueros ni a otras jurisdicciones, sino ejecutando instrucciones particulares que tiene.» Además, el cabildo puso a disposición de los presos dinero para su defensa y para que no les faltase nada.
[1] La capilla por su parte decidió «que en la procesión del Corpus no se parasen en ningún puesto a cantar motetes y villancicos», es decir, que no se parasen a cantar ante las ventanas de los inquisidores y sus oficiales, como era costumbre hacerlo.
También se acudió al Justicia de Aragón, afirmó que «estaba muy dispuesto a administrar justicia y que no se dudase de esto».
Parece ser que hacia 1639 los libros de canto polifónico ya no se usaban.