Tras el golpe fue exiliado a Reino Unido pero se le concedió una amnistía en los años ochenta.
[3] En 1954, a la edad de veinte años, Gowon se alistó al ejército nigeriano.
En enero de ese mismo año, se produjo un sangriento motín militar que derrocó y acabó con la vida del primer ministro Balewa y que constituyó una férrea dictadura militar dirigida por el general Johnson Aguiyi Ironsi.
Hasta ese entonces, Gowon había sido estrictamente solo un militar de carrera sin implicación en la política.
Pero esto cambió tras los violentos incidentes ocurridos ese año, los cuales le empujaron a asumir un papel de liderazgo.