[6] Su historia empieza el 8 de septiembre de 1423, cuando el rey Carlos III el Noble pone fin a los seculares conflictos entre las tres poblaciones, los llamados burgos, y establece una estructura de gobierno municipal única con una organización que, paulatinamente y en paralelo, desarrolla las nuevas funciones y competencias.
[Cómo el pueblo o los diez Jurados deuen fazer una fuert archa et dentro en eilla deuen ser puestos todos letras, priuillegios, sieillos et pendón et qué personas deuen tener las claues de-la dicha archa] Otrossí, de consentimiento et voluntat de todos los dichos procuradores, Nos, por tal que la dicta vnión se más firme, auemos querido et ordenado, queremos et ordenamos por las presentes que dentro en término de diez días empués la data deillas, el pueblo de nuestra dicta muy noble ciudat de Pomplona o los dictos diez jurados fagan fazer vna fuert arqua de robre, en la quoal aya tres çarraias fuertes con tres claues.
Este último y uno de contabilidad debían guardarse en el Arca del Concejo junto con los privilegios y escrituras del pueblo, de los que tendría que hacerse un inventario y cuya salida del arca se reglamenta con cuidado.
Era la primera disposición de validez general para toda Navarra que obligaba a los ayuntamientos a tener un arca destinada a archivo y a efectuar inventarios de los documentos que contenía.»[a][10] Como indica la archivera municipal Ana Hueso Pérez, «esta prescripción real, que tiene además la particularidad de ser el primer testimonio escrito en Navarra sobre la formación de archivos públicos» es la razón de peso que explica la conservación de 270 elementos documentales previos a 1423.
"»[14] La sede del archivo está situada, desde el año 1986, en edificio del antiguo Seminario de San Juan Bautista, una construcción emblemática de la ciudad levantado en el siglo XVIII, situado en el corazón de la ciudad.
Predicadores del vecino convento de Santo Domingo del solar que «está contiguo al citado Convento, y por las dos partes afronta con él, y por la otra con la cuesta que se sube el Palacio Real de dicha Ciudad, y calle pública, frente al Vínculo, o Pósito de Trigo de ella (actual mercado)" se proyecta levantar el actual edificio.
[c] A estos tres había que añadir otros dos: el codo de tierra, para medir un solar o una parcela, y el codo de fusta, con fines constructivos.
También custodia la biblioteca musical y los libros personales procedentes del legado testamentario de Pablo Sarasate.
[33] La tarea recaía en los secretarios municipales hasta que se hace necesaria dedicación exclusiva.