La historia militar de Yibuti abarca las principales guerras y conflictos bélicos que involucraron a los imperios y sultanatos históricos en el territorio del actual Yibuti, hasta los tiempos modernos.
En la Edad Antigua, el territorio formaba parte del país de Punt.
Taddesse Tamrat explica la expedición militar del Sultán Umar como un esfuerzo por consolidar los territorios musulmanes en la región del Cuerno de África, de la misma manera que el Emperador Yekuno Amlak intentaba unificar los territorios cristianos en las tierras altas de Etiopía durante el mismo período.
Estos dos estados inevitablemente entraron en conflicto por Shewa y territorios más al sur.
Se produjo una larga guerra, pero los sultanatos musulmanes de la época no estaban fuertemente unificados.
El ejército del sultán recibió suministros con armas de fuego del Imperio otomano, Ahmad pudo derrotar a los etíopes en la batalla de Shimbra Kure en 1529 y tomar el control de las ricas tierras altas del macizo etíope, aunque los etíopes continuaron resistiendo en las tierras altas.
En 1541, los portugueses, que tenían intereses creados en el Océano Índico, enviaron ayuda a los etíopes en forma de 400 mosqueteros.
Los otomanos, por su parte, tenían problemas que resolver en el Mediterráneo y no pudieron ayudar a los sucesores de Ahmad.
Esta situación duró hasta diciembre de 1942, para entonces, los italianos habían sido derrotados y la colonia francesa estaba aislada por un bloqueo británico.
A finales de mes, la fuerza invasora somalí había tomado el 60% del Ogadén, incluido Gode, que fue capturado por unidades comandadas por el coronel Abdullahi Ahmed Irro.
Al mismo tiempo, una división etíope cruzó la frontera occidental y avanzó hacia la Región de Dikhil.
El Ejército de Yibuti prohibió a las tropas etíopes avanzar hacia el sur.
La guerra civil estalló en 1991 como una reacción a la falta de presencia del pueblo afar en el gobierno.
Un grupo radical continuó luchando contra el gobierno, pero firmó su propio tratado de paz en 2001.
La guerra terminó con una victoria del gobierno, el FRUD dejó la lucha armada y se convirtió en un partido político.
Los expertos dicen que la única zona indecisa de la frontera es la pequeña Isla Doumeira, junto a un pueblo del mismo nombre.
El primer enfrentamiento se produjo en 1996, tras un estancamiento que duró casi dos meses.