Es el segundo municipio más pequeño que tiene el departamento de Izabal superando únicamente a Puerto Barrios.
En 1970, Morales pasó a formar parte de la Franja Transversal del Norte, fue creada oficialmente durante el gobierno del general Carlos Arana Osorio para el establecimiento de desarrollo agrario.
No hay certeza sobre cuándo se fundó el poblado que ahora es la cabecera municipal de Morales.
Estos lotes tenían una extensión superficial de 12 caballerías, 48 manzanas y 3432 varas cuadradas.
Estas fincas quedaron registradas a favor de los moralenses como fincas rústicas, según números 4122 y 4123, folios 241 y 242 del tomo 48 de inscripciones del grupo norte, mismo que se encuentran en el juzgado municipal.
En abril de 1920, cuando el Partido Unionista derrocó al presidente Manuel Estrada Cabrera, la United Fruit Company -quien había recibido una generosas concesión territorial de parte del derrocado presidente en Izabal- estaba en una situación difícil, enfrentando una huelga sin el recurso de que el dictador guatemalteco la reprimiera por ella, ya que este estaba luchando por su cuenta contra los unionistas.
[17] Nuevos núcleos sindicales surgieron en las plantaciones bananeras de Morales y Los Amates, mientras que en Puerto Barrios el sindicato llegó a agrupar a más de doscientos cincuenta miembros.
Como la huelga se reforzó y los Unionistas no ayudaban a la frutera en esta situación, la UFCO apoyó un golpe de Estado del general José María Orellana en 1921, quien rápidamente reprimió a los miembros de los sindicados y retornó la tranquilidad a las operaciones bananeras de la frutera en Izabal.
Sin embargo dicho juzgado fue suprimido el 20 de marzo de 1930, por lo que las funciones del juez quedaron a cargo del Alcalde Municipal y otros altos empleados municipales.
Es interesante el historial del edificio municipal, iniciado en 1930 cuando administraba el alcalde Presentación González García y gobernaba la Nación Lázaro Chacón.
Bananera surgió como sector poblacional alrededor de los años 20, cuando la United Fruit Company (UFCO) trasladó su centro operacional desde la aldea Virginia hasta lo que hoy se conoce como Bananera.
La Franja Transversal del Norte fue creada oficialmente durante el gobierno del general Carlos Arana Osorio en 1970, mediante el Decreto 60-70 en el Congreso de la República, para el establecimiento de desarrollo agrario.