El Gran Premio de Australia de Motociclismo de 1999 fue la decimotercera prueba del Campeonato del Mundo de Motociclismo de 1999.
Tuvo lugar en el fin de semana del 1 al 3 de octubre de 1999 en el Circuito de Phillip Island, situado en Phillip Island, Australia.
La carrera de 500cc fue ganada por Tadayuki Okada, seguido de Max Biaggi y Régis Laconi.
Valentino Rossi ganó la prueba de 250cc, por delante de Olivier Jacque y Tohru Ukawa.
La carrera de 125cc fue ganada por Marco Melandri, Lucio Cecchinello fue segundo y Youichi Ui tercero.