El Gran Premio de Sudáfrica de Motociclismo de 1999 fue la decimocuarta prueba del Campeonato del Mundo de Motociclismo de 1999.
Tuvo lugar en el fin de semana del 8 al 10 de octubre de 1999 en el Phakisa Freeway, situado en Welkom, Provincia del Estado Libre, Sudáfrica.
La carrera de 500cc fue ganada por Max Biaggi, seguido de Sete Gibernau y Àlex Crivillé.
Valentino Rossi ganó la prueba de 250cc, por delante de Shinya Nakano y Olivier Jacque.
La carrera de 125cc fue ganada por Gianluigi Scalvini, Arnaud Vincent fue segundo y Marco Melandri tercero.