[4][6] En el período posclásico temprano (entre los años 900 y 1200) ocurrió la emigración de los pipiles, los cuales trajeron consigo la influencia de la cultura tolteca; asimismo, tras el colapsó maya del período clásico ocurre un despoblamiento en los valles interiores del país (como donde se ubica la ciudad santaneca) lo cual se mantendrá durante ese período debido a que se prefería habitar en sitios ubicados en lugares altos para tener una mayor defensa.
[19] Para la segunda mitad del siglo XVI debido a las leyes nuevas promulgadas en 1542, la localidad era tratada y considerada como un pueblo de indios y por lo tanto se reconocía la autoridad de los líderes indígenas que eran llamados como: cacique gobernador (quien era el líder y representante de los indígenas de la localidad) y cacique (quien era elegido por el cacique gobernador para que liderara un barrio, parcialidad o pueblo sujeto a la población, en este caso lideraba el cabildo auxiliar de Chacalcingo); la población era encomendada junto a Soyapango, Ilopango y Tonacatepeque a quien la real audiencia designaba o quien había sido escogido por el encomendero anterior como heredero de la encomienda para que la ejerciese en segunda vida (las encomiendas solo duraban dos generaciones llamadas vidas), hasta 1616 la encomienda sería ejercida por María Cerrato.
María Manuela Zavaleta ejerció la encomienda hasta su fallecimiento siendo sucedida por su prima Francisca de Arrivillaga y Gálvez (a quien había designado como sucesora en segunda vida María Manuela Zavaleta y última encomendera de que se tiene constancia).
Este problema si bien era algo que se daba comúnmente durante la existencia de la Alcaldía Mayor de San Salvador, es sin embargo el único caso registrado en que dicho problema se dio en la población santaneca.
[43] En la década de 1790, Santa Ana se encontraba organizada en los barrios de Santa Cruz, El Calvario o San Juan, Santa Bárbara y Tahuilapa (posteriormente llamado San Sebastián); la población tenía en total dos templos (la parroquia central y la iglesia de Santa Cruz), 3 ermitas (Santa Bárbara, San Juan y San Sebastián) y se empezó a construir una iglesia dedicada a la virgen de Belén pero no se terminó; en esa década de 1790 el subdelegado de la real hacienda y receptor de alcabalas Salvador Mariano de Cubtiño arregló la población y ubicó a los indígenas en un solo barrio denominado barrio España y los demás barrios quedaron repartidos entre españoles y ladinos, Cubtiño a su vez prohibió que se hablara el Nawat y castigó a todo aquel que desobedeciese, debido a ello los indígenas dejaron de hablar el nawat y pasaron a hablar únicamente español; aunque el barrio España fue fundado como barrio indígenas, su vecindario siempre estuvo compuesto de indígenas, españoles y ladinos; después de la independencia española y debido a que tal barrio no contaba con parroquia propia, se lo unió al barrio San Juan, desde ese momento al propio barrio San Juan se lo llamó San Juan Calvario, mientas que a lo que era el barrio España se lo llamó San Juan Indígenas; posteriormente en la década de 1850 los indígenas fundarían en el barrio San Juan Indígenas un oratorio dedicado a San Lorenzo y a partir de entonces se conocería a ese barrio como San Lorenzo.
[79] Al darse cuenta Cornejo de los movimientos militares, concentró las fuerzas salvadoreñas en Santa Ana y envió a 600 hombres al mando del coronel Gregorio Villaseñor a atacar Jocoro, pero fueron derrotadas por las tropas comandadas por Morazán el 14 de marzo.
[83] Estas situaciones ocasionaban que las relaciones diplomáticas entre Guatemala y El Salvador fuesen tensas, lo cual se reflejaba en sus publicaciones en sus diarios oficiales.
[79] En marzo, Malespín tras haber sido excomulgado y al ver que no podía recuperar el poder, decidió ponerse bajo la protección del gobierno hondureño de Coronado Chávez con su tropa y por lo tanto estableciendo su residencia en la república hondureña.
En julio de 1857 Santa Ana se vio invadida por el cólera morbus, muriendo 275 personas principalmente en las aldeas, siendo menor la mortandad que la reportada en 1837.
[114] Según el informe del gobernador Teodoro Moreno del 29 de octubre de 1857, en ese año tanto él como las autoridades locales del departamento proporcionaron recursos al gobierno para sostener la guerra nacional (contra los filibusteros comandados por William Walker en Nicaragua) y para combatir la epidemia de Cólera morbus que ese año había azotado al país.
[132] El 3 de julio, a las 8 de la mañana, el ejército guatemalteco llega a Santa Ana y se enfrenta a las fuerzas comandadas por González, la batalla duró hasta la mañana del 4 de julio cuando fue tomada la plaza pública; al amanecer fueron ejecutados todos los heridos y soldados salvadoreños que habían sido capturados, luego el ejército guatemalteco saquea la ciudad, González se rinde y Carrera decide establecer su cuartel general en la ciudad.
Por lo que ya contando con fondos se colocaron las primeras piedras, iniciando oficialmente la construcción bajo la guía del general Joaquín Pérez y siendo el arquitecto encargado Coronado Moreno.
[12][77] Asimismo, en ese año la municipalidad hizo traer un reloj desde Europa para colocarlo en el nuevo edificio municipal y reponer el arruinado por el incendio,[77] pero como todavía no estaba concluida la construcción del nuevo edificio, se decidió (con permiso del párroco Guadalupe Reinoso) colocarlo en una torre de mampostería que fue construida en la esquina suroeste del atrio de la parroquia central;[77] está torre fue demolida en 1878, ya que el párroco Miguel Rosales venía pidiendo su demolición desde 1874 para que se pudiese concluir la construcción del atrio de la parroquia central, siendo el reloj trasladado a la torre del palacio municipal.
Posteriormente, en 1880, tanto Cienfuegos como Van Severen se encargaron de construir la cañería para llevar agua del río Zarco a Santa Ana.
El 18 de marzo, Zaldívar llegó a la ciudad santaneca y tomó las riendas del ejército para dirigirlo como comandante general.
El 23 de noviembre de 1885, la nueva constitución fue decretada, sin embargo -debido a objeciones expresas del presidente Menéndez- tal constitución no fue promulgada, luego el presidente Menéndez declaró disuelta la Asamblea Constituyente e intervino militarmente las instalaciones legislativas.
[155] En ese mismo año se construyó el primer parque de la ciudad (que posteriormente sería bautizado como parque Menéndez, en honor al presbítero Isidro Menéndez), cuya construcción estuvo a cargo del general y arquitecto santaneco Joaquín Pérez.
Desde esa fecha, ilustres santanecos gobernaron El Salvador, específicamente: Tomás Regalado y Pedro José Escalón.
[189] En 1921, el municipio santaneco se encontraba dividido en 35 cantones, que eran: Primavera, Monte Largo, Ranchador, Cutumay, Cantarrana, Flor Amarilla Arriba, Flor Amarilla Abajo, Aldea de San Antonio, Potrerillos, Calzontes Abajo, Calzontes Arriba, Valle del Matazano, Tablón del Matazano, Chupaderos, El Portezuelo, Ayuta, Palo de Campana, Nancintepeque, Las Lomas, Comecayo, Ochupse Arriba, Ochupse Abajo, Loma Alta, Potrero Grande Arriba, Potrero Grande Abajo, La Empalizada, San Juan Buenavista, Montañita, Las Aradas, Pinalón, Pinalito, Los Apoyos, Los Planes y Potrerillos de la Laguna; que son los cantones que conforman en la actualidad el municipio a excepción del cantón aldea de San Antonio que posteriormente pasaría a ser barrio.
[200] En 1931, la gran depresión (la cual empezó en 1929 pero continuó durante la década de 1930) afectaba a toda la población, el precio del café había caído a niveles demasiado bajos por lo cual los terratenientes no conseguían muchas ganancias y como resultado varias personas perdían sus empleos; y junto a ello el Partido Comunista Salvadoreño que para ese momento ya estaba bien formado (sobre todo en la zona occidental salvadoreña) ganaba muchos adeptos.
Siendo electos los candidatos del PAR (el partido ganador en el departamento obtenía todos los escaños de ese departamento), como diputados propietarios: Gustavo Enrique Álvarez, Vicente Rodríguez González, Arturo Morales Germán, Andrés Núñez y Emilio Sánchez González; como diputados suplentes: José Otto Vides, Vicente Vides, Manuel Álvarez Valenzuela, José Álvaro Sermeño y Miguel Ángel Machón.
[25][226] Durante gran parte del siglo XX, la educación superior se centralizó en la Universidad Nacional en San Salvador, lo que generaba grandes problemas para los estudiantes santanecos.
[228] Desde 1968 se generalizan las colonias (tanto urbanizaciónes, lotificaciones y residenciales) desligadas, iniciando una desestructuración del territorio, desde este año hasta 1980 el crecimiento de la ciudad rellena espacios entre el área existente antes de 1949 y las colonias exteriores.
En esta ofensiva los distintos grupos guerrilleros no lograron coordinarse, la toma del cuartel sería llevada a cabo por el ERP, mientras que los otros grupos se concentraron en el parque Libertad para luego replegarse en el cantón Cutumay Camones que era la sede del frente occidental, está descoordinación también provocó que por error las guerrillas de la RN y las FPL intercambiaran disparos entre ellas.
[239] El 17 de enero, el capitán Mauricio Vargas dirige a su compañía al cantón Cutumay Camones donde se enfrenta a los guerrilleros del ERP, resultando fallecidos 97 combatientes de los guerrilleros, entre los cuales estaban los comandantes Chemo y Raúl, mientras que Mena Sandoval logró sobrevivir, este enfrentamiento fue un duro golpe al frente occidental, desde el cual se convirtió en uno de los frentes más difíciles.
[251] Las negociaciones de paz son iniciadas por el presidente José Napoleón Duarte en 1984, las cuales no llegan a buen puerto pero posteriormente las negociaciones serían continuadas por el presidente Alfredo Cristiani sucesor de Duarte que entró a gobernar desde 1989.
Está ofensiva dejó en claro que no se lograría una victoria militar por alguno de los bandos; las negociaciones continuarían en los años siguientes.
[199] En 1993, durante la administración municipal de Ricardo Duke Lara, la municipalidad presentó el Perfil de Desarrollo Urbano (PEDESUR) el cual fue un intento de organizar la planeación y control urbanísticos, entre las propuestas que contiene y que se llevaron a cabo está: la extensión dentro del área central del comercio y el desarrollo lineal del mismo en la entrada sur de la ciudad (específicamente en la carretera que pasa frente a la colonia El Trébol), la protección de los cerros Tecana, Santa Lucía y La Esperanza, nuevas localizaciones industriales (en la carretera a Metapán, en la carretera Panamericana desde la colonia El Trébol hasta la carretera a Sonsonate, y una zona menor en la calle a Tacachico), entre otras.
[229] En las elecciones de 1997 es elegido como alcalde Moisés Macall Monterrosa, el cual se presentó a las elecciones en una coalición conformada por los partidos FMLN, Convergencia Democrática y Movimiento de Unidad; convirtiéndose en el primero candidato del FMLN en obtener la silla edilicia.
Resultando ganador por tercera vez Orlando Mena, siendo el primer alcalde en ser reelecto en dos ocasiones desde que entró en vigencia la constitución de 1983.