[46] Como consecuencia, aunque la suspensión decretada era para el club que los había contratado sin tener las transferencias, la Liga suspendió durante un año a los tres jugadores.
Los jugadores que se presentaron fueron los siguientes: Urdaneta, Camargo, Martínez, Jorge Méndez, Ernesto Gamboa, Rueda Gonzalo, Ferro, Robledo y Mendoza.
También formaban parte del equipo Guillermo Escobar, Eduardo Lleras, Nicolás Camargo, Manuel Vásquez, Julio Barberi y César Payán.
De igual manera se da inicio a la Copa Colombia en su primera edición que finalizaría en 1951 y donde Santa Fe tendría buena participación.
“El San Lorenzo sigue haciendo cambios de jugadores cada dos minutos restándole estabilidad al cuadro y compenetración” (partido amistoso).
Los equipos alinearon así: Formaron parte del seleccionado chileno de 1950 Livingstone, Roldán, Carvallo y Prieto; Molina estuvo después.
“Ante la más escasa concurrencia que se haya visto” allí, Santa Fe “cumplió una gran jornada” con “extraordinario acoplamiento… [ ] …sobresaliendo René Pontoni y Óscar Contreras”.
Los equipos se alinearon así:[144][145] El mismo Juan José Ferraro, brillante jugador e ídolo histórico del Boca Juniors, llegó a Santa Fe en 1958.
[147] El Independiente incluía al arquero Elías Emilio Abraham, que años después llegó a Santa Fe, y su delantera fue la de Argentina en ese año.
[162] Santa Fe punteó en solitario el campeonato desde la octava fecha (15 de junio), con ventaja que llegó en un momento a los cinco puntos.
Esa fue una tarde dramática para Santa Fe en Medellín, muy en su estilo: en un partido “intenso y enredado”, Atlético Nacional logró anotar al rematar Panesso un balón que se le zafó a Manolín Pacheco (42').
[167] En un Estadio General Santander colmado, hubo un ligero dominio visitante, pero los jugadores Motilones, “...conscientes de la responsabilidad ante la afición...”, lograron terminar el primer tiempo en ceros.
El conjunto cardenal se consolidó como un equipo fuerte en la última parte del campeonato, y cayó apenas en una ocasión frente al Unión Magdalena.
Alternativamente Santa Fe jugaba el Campeonato colombiano 1961 donde finalizó tercero con 71 puntos y con Totogol Perazzo como máximo goleador del torneo con 32 goles.
En 1964 ya sin Osvaldo Panzutto ni Alberto Perazzo, Santa Fe volvió a ser el equipo que más anotó, esta vez con 89 conquistas.
Finalmente Barahona dio, por terminado el partido y la Dimayor decretó como ganador del encuentro a Independiente Santa Fe por un marcador de 1-0.
Disputado el cuadrangular final, se presentó una igualdad técnica en todos los criterios de desempate entre Santa Fe y Atlético Nacional.
Grandes elogios en la prensa para el jugador, grandes ilusiones para los santafereños porque otro debutante, el puntero izquierdo Garello había jugado aún mejor,[196] pero... ¡Lapalma no volvió a anotar un solo gol!, salvo dos penales, al Atlético Quindío[197] (Santa Fe 2 - Quindío 0), y al Cúcuta Deportivo[198] (Santa Fe 2- Cúcuta 0).
En ese equipo jugaban el recordado goleador Hugo Ernesto Gottardi, José Luis Carpene, Diego Edison Umaña, Sergio Daniel Odine, Walter Perazzo, William Palmero Morales, Gabriel Martínez, Raúl Humberto Mora, Osvaldo Redondo, Juan Moreno, James Mina Camacho, Radamel García, Orlando Batato Castro, Eusebio Vera Lima, Heriberto Niño, Osvaldo Santos, Víctor Curramba Palacios, Miguel Alonso Pacheco y Hernando Cuero.
Para esta época, y bajo la dirección técnica de Jorge Luis Pinto y Diego Edison Umaña respectivamente, se destacaron con el equipo Freddy Rincón, Eduardo Niño, Wilmer Cabrera, Germán Morales, Hernando Cuero, Jorge Alberto Taverna, Osvaldo Coloccini, José Romeiro Hurtado, Astolfo Romero, Juan Carlos Rodríguez, Hamir Carabalí, Manuel Acisclo Córdoba, Víctor Lugo, Edison Álvarez, Juan Carlos Cabanillas, Óscar Alfredo Rifourcat, Álvaro Silva, William Palmero Morales, Mario Jiménez, Jorge Policía Ramírez, Sergio Checho Angulo y Armando Pollo Díaz.
En esta instancia fue Santa Fe quien se llevó la victoria al anotar el último penal por intermedio de Wilson Cano, y dejar la serie 4-2 desde los 12 pasos.
A partir del año 2002[216] la Dimayor decide implementar la modalidad de torneos cortos, con la que se juega hasta la fecha.
En su visita al equipo antioqueño logró reponerse y con gol de Luis Yanes lo venció 1-0 en los últimos minutos del partido.
En esa fase, el club 'Cardenal' quedó último del Grupo A, siendo superado por Atlético Nacional, Deportivo Cali y Boyacá Chicó.
[235] Heriberto Niño se encargó de la dirección técnica las últimas tres fechas, y Santa Fe terminó en el puesto 14 con 21 puntos.
En las rondas previas Santa Fe había superado en la copa a los equipos venezolanos del ACD Lara (4-2) y Caracas FC (2-1) respectivamente.
[cita requerida] Luego de la eliminación en la Sudamericana, Santa Fe centró toda su atención en el torneo local, y logró clasificarse en las últimas fechas a la fase final, tras imponerse en el clásico bogotano a Millonarios por 1-0 en la penúltima fecha, con gol del arquero Camilo Vargas al último minuto del partido, tras un tiro de esquina cobrado por Omar Pérez.
Durante el Torneo Apertura 2016, Santa Fe logró la remontada más rápida de su historia y tal vez del fútbol colombiano: cuatro goles en 11' 43".
Dichos equipos han protagonizado en su historia, el único clásico regional que se ha jugado en todas las temporadas del fútbol de primera división en Colombia.
De la cantera del equipo cardenal, han salido grandes jugadores, que han sido importantes tanto para el club, como para el Fútbol Profesional Colombiano, y para la Selección Colombia, ejemplo de los jugadores salidos de sus inferiores son: Otros canteranos destacados son, Adolfo "Tren" Valencia, Agustín Julio, Freddy Rincón, Alonso "Cachaco" Rodríguez, Héctor "Zipa" González, Jaime Silva, Léider Preciado, Francisco Meza, Daniel Torres, Camilo Vargas, Juan Daniel Roa, entre muchos otros.