Ésta es una lista organizada por familias de especies de aves registradas en el archipiélago de Puerto Rico, el cual consiste de la isla principal, las islas de Vieques, Culebra, Mona, Monito y Desecho y más de 125 islas y cayos menores.
La avifauna de Puerto Rico incluye en total 349 especies, de las cuales 166 (47,56%) son accidentales, 42 (12,03%) son introducidas por el hombre y 16 (4,58%) son endémicas.
Cerca de 120 de estas especies se reproducen en Puerto Rico mientras que la mayoría de las otras son sólo invernantes en el archipiélago.
En negritas se indican los nombres comunes en Puerto Rico (SOPI, 2007), y a continuación en cursivas los nombres comunes en inglés.
Subfamilia Euphoniinae Subfamilia Carduelinae Subfamilia Ploceinae Subfamilia Estrildinae Según Lepage (2005) también están presentes: Accipiter, Acridotheres, Actitis, Agelaius, Aix, Amandava, Amazona, Ammodramus, Anas, Anous, Anthracothorax, Apus, Ara, Aramus, Aratinga, Archilochus, Ardea, Arenaria, Asio, Aythya, Bartramia, Bombycilla, Botaurus, Branta, Brotogeris, Bubo, Bubulcus, Bucephala, Buteo, Buteogallus, Butorides, Cacatua, Cairina, Calidris, Calonectris, Caprimulgus, Carduelis, Cathartes, Catharus, Ceryle, Chaetura, Charadrius, Chen, Chlidonias, Chlorostilbon, Chordeiles, Circus, Coccyzus, Coereba, Colinus, Columba, Columbina, Contopus, Corvus, Crotophaga, Cygnus, Cypseloides, Dendrocygna, Dendroica, Dolichonyx, Dumetella, Egretta, Elaenia, Elanoides, Empidonax, Estrilda, Eudocimus, Eulampis, Euphonia, Euplectes, Falco, Fregata, Fulica, Fulmarus, Gallinago, Gallinula, Gallus, Gelochelidon, Geopelia, Geothlypis, Geotrygon, Gracula, Haematopus, Haliaeetus, Helmitheros, Himantopus, Hirundo, Hydroprogne, Hylocichla, Icterus, Ixobrychus, Jacana, Junco, Larus, Laterallus, Limnodromus, Limnothlypis, Limosa, Lonchura, Lophodytes, Loxigilla, Margarops, Megascops, Melanerpes, Mellisuga, Melopsittacus, Melospiza, Mergus, Mimus, Mniotilta, Molothrus, Myiarchus, Myiopsitta, Nandayus, Nesospingus, Nomonyx, Numenius, Numida, Nyctanassa, Nyctibius, Nycticorax, Oceanites, Oceanodroma, Oenanthe, Onychoprion, Oporornis, Orthorhyncus, Oxyura, Padda, Pandion, Paroaria, Parula, Passer, Passerina, Patagioenas, Pelecanus, Petrochelidon, Phaethon, Phalacrocorax, Phalaropus, Phasianus, Pheucticus, Philomachus, Phoenicopterus, Picoides, Piranga, Platalea, Plegadis, Pluvialis, Podilymbus, Porphyrio, Porzana, Progne, Protonotaria, Pterodroma, Puffinus, Quiscalus, Rallus, Recurvirostra, Riparia, Rissa, Rynchops, Seiurus, Setophaga, Sicalis, Sphyrapicus, Spindalis, Spiza, Stelgidopteryx, Stercorarius, Sterna, Sternula, Streptopelia, Streptoprocne, Sturnus, Sula, Tachornis, Tachybaptus, Tachycineta, Thalasseus, Tiaris, Todus, Tringa, Tryngites, Turdus, Tyrannus, Tyto, Vanellus, Vermivora, Vidua, Vireo, Wilsonia, Xanthocephalus, Xena, Zenaida, Zonotrichia.