Los clubes indirectamente afiliados a la AFA son alrededor de 3500 instituciones de toda la Argentina, nucleados en las ligas regionales que dependen del Consejo Federal, organismo de la Asociación del Fútbol Argentino.
[1] Además de competir en sus ligas, participan de los torneos organizados por dicho Consejo, que son el Torneo Federal A y el Torneo Regional Federal Amateur, los que constituyen, respectivamente, la tercera y cuarta categorías, exclusivas para estos equipos.
A su vez hay algunos que, por mérito deportivo, disputan los torneos superiores organizados directamente por la AFA, la Primera División de Argentina y la Primera B Nacional.
La otra rama está constituida por los 88 equipos que por cuestiones geográficas e históricas se encuentran directamente afiliados a la AFA, y por tanto fuera de la órbita del Consejo Federal.
Además de los indirectamente afiliados, hay 10 clubes que tienen la particularidad de estar directamente afiliados a la AFA y competir en los torneos que están bajo su organización, pero también participar con equipos alternativos en sus respectivas ligas de origen, dado que están afiliados a las mismas, aunque sin derecho a disputar los torneos organizados por el Consejo Federal: